上海交大生物医学工程学科建于1979年，1980年获硕士学位授予权，1990年获博士学位授予权，1998年建成博士后流动站。目前该学科负责人为徐学敏教授。博士后流动站站长为生物医学工程系主任朱贻盛教授。上海交通大学生物医学工程博士后流动站设在交大生命科学技术学院内，建立了陈亚珠院士的“生物医学智能仪器”研究室，长江计划特聘教授徐学敏负责的“生物传热传质研究室”，长江计划特聘教授胡钧负责的“纳米生物工程”研究室，任秋实教授负责的“激光与光子生物学研究所”，朱贻盛教授负责的生物电子学，梁培基教授负责的神经信息学，李亦学教授负责的生物信息学。本学科师资力量雄厚，已经拥有一批治学严谨、造诣深厚、科研成果卓著的著名教授、院士；又有一批站在科学前沿，具有国际先进水平的中青年学科带头人。已形成一个有众多优秀年轻学科带头人负责的交叉科学研究群体。

上海交通大学生物医学工程学科是国家重点学科，国家生命科学和技术人才培养基地，在第一次教委评估时名列第三。

生物医学工程博士后流动站已有院士1人，长江计划特聘教授3人，，教授博导11人，45岁以下教授占总教授数72%，有博士学位的教师28人，占总教师数69%，已形成了结构合理，充满活力的梯队。211一期、985一期、211二期已获投资2200万元，具备了较好的开展前沿交叉科学研究条件。承担973首席项目1项，一级项目4项，863项目12项，国家自然科学基金（包括重点、重大、青年）25项，上海市科委重大、重点、面上项目18项，与企业合作项目多项。已经有扎实的基地可以吸引海内外学者来中心开展合作研究。本学科本着“开放式自主创新”的原则，曾取得瞩目的成绩。其中比较突出的有：

1.陈亚珠院士所领导的课题组“肾结石粉碎机”曾获国家科技进步一等奖，有200余家医院采用，产生了2亿元以上效益。

2.长江计划特聘教授胡钧博士曾在《Science》上发表过论文。

3.朱贻盛教授课题组的二位博士生分别获2000年度和2004年度全国优秀博士论文奖。

4.目前本学科有973，863，国家自然科学基金重点项目和上海科委重大项目共8项，其余项目20余项。

5.本学科也十分重视产业化，其中良性前列腺增生热疗、肾结石粉碎机早已得到推广应用，新近研制的“高强度聚焦超声治疗肿瘤设备”每年售出20台以上，产生经济效益3000余万元，PACS系统在静安区中心医院使用。有国内专利，也有不少国外专利。